BKA

Imenuj sekvencera koji sadrži nanopore za sekvencioniranje.

MinION

Imenuj protočni citometar koji omogućava razvrstavanje stanica.

FACS

Imenuj alternativnu lančanoj reakciji polimeraze koja koristi termostabilnu DNA polimerazu s helikaznom aktivnošću (strand-displacing DNA polymerase).

Izotermno amplificiranje posredovano petljom (LAMP)

Imenuj spektrofotometar koji može odrediti koncentraciju RNA u 1 µL uzorka

Nanodrop

Imenuj pojavu koja tijekom elektroforeze SDS-PAGE sabija uzorak proteina u 1 vrpcu

izotahoforeze, tj. stavljanjem kompleksa protein-SDS u sendvič između brzo pokretnih kloridnih iona iz pufera iz gela za sabijanje i sporo pokretnih glicinatnih iona iz pufera za elektroforezu?

Imenuj kromatografsku metodu pročišćavanja proteina koja razdvaja proteine na temelju njihove veličine.

Gel filtracija ili kromatografija s isključenjem veličine (SEC) razdvaja proteine po njihovoj veličini. Matrica se sastoji od kuglica s različitim veličinama pora. Proteini se mogu apsorbirati u neke, ali ne sve pore, najveći proteini prvi izlaze iz kolone.

Zasto se ABO sustav krvnih grupa ne koristi za genotipizaciju ljudi?

Neučinkovito je jer postoje samo četiri krvne grupe (A, B, AB i O), a više od 80% populacija je ili tip A ili tip O. Dakle, imajući nisku moć diskriminacije, takav test mogao bi lako osloboditi pojedinca, ali ga ne bi mogao osuditi.

Kako je tijekom provođenja kapilarne elektroforeze riješen problem hlađenja medija unutar kapilara?

. Ovdje mali promjer kapilare daje veliki omjer površine i volumena, što pomaže hlađenju i na taj način eliminirajući konvekcijske struje i zonu proširenja izazvanu difuzijom

Zašto je lon torrent sekvenciranje jeftinije od llumina sekvenciranja?

Jer se bazira na elektroničkom sustavu detekcije, a ne optičkom

Na kojem principu se bazira određivanje koncentracije proteina pomoću bicinkoninicne kiseline?

Peptidne veze reduciraju Cu2+ u Cu+ u alkalnim uvjetima, pa taj Cu+ formira kompleks s 2 molekule bicinkonične kiseline, dajuću ljubičasto obojenje koje se mjeri pri 562 nm. Ova metoda detektira 0.5 μg/ml proteina i manje je osjetljiva na interferirajuće komponente on Lowryja.

Koji su koraci postupka određivanja količine dušika u uzorku metodom po Kjeldahiu (napišite reakcije koje se događaju u pojedinim koracima)?

Uzorak se vrije sa koncentriranom sumpornom kiselinom, natrijevim sulfatom i bakrom ili selenom kao katalizatorom kako bi se sav organski dušik preveo u amonijak, tj. amonijev sulfat. Amonijak se otpušta s natrijevim hidroksidom, skuplja u bornoj kiselini i titrira s hidroklornom kiselinom, koristeći metil-red-metilen-plavo kao indikator. Ova metoda određuje ukupan sastav dušika i koristi se za analizu kompleksnih krutih i microbioloških uzoraka, ne pročišćenih proteina.

Kromatografija na osnovi hidrofobnih interakcija.

Hidrofobna interakcijska kromatografija (HIC) koristi matricu s hidrofobnim butil- ili fenil- skupinama za razdvajanje proteina na temelju razlike u hidrofobnosti njihove površine. Proteini se otapaju u puferu s visokim udjelom soli i stavljaju na kolonu na koju se imobiliziraju kroz hidrofobni učinak. Proteini se eluiraju smanjenjem gradijenta soli i dodavanjem organskog otapala koje se miješa s vodom kako bi se eluirala većina hidrofobnih proteina.

Dvodimenzionalina poliakrilamidna gel elektroforeza.

2D-PAGE odvaja proteine po njihovoj izoelektričnoj točki i veličini, prvo kroz izoelektrično fokusiranje (IEF), a zatim kroz SDS-PAGE

Elektroforeza u promjenjivom elektricnom polju.

Tijekom PFGE, dva električna polja se primjenjuju naizmjenično, pod različitim kutovima, za određeno vrijeme, prisiljavajući molekulu DNA da se odmota, rasteže, pomiče i ponovno namota, prvo u jednom, a zatim u drugom smjeru, kako je predviđeno modelom pristrane reptacije. Kad god se promijeni električno polje, molekule DNA se prvo moraju prilagoditi polju i tek se onda nastaviti kretati kroz gel. Kako se manje molekule poravnavaju brže od dužih, manje molekule putuju dalje, odvajajući se od dužih.

Tijekom sinteze oligonukleotida na čvrstoj fazi korištenjem fosforamidita..?

Fosforamiditi se koriste umjesto standardnih nukleozida jer potonji nose nekoliko hidroksilnih (-OH) i amino (-NH2) skupina koje bi reagirale sa spojevima koji se koriste tijekom kemijske sinteze DNA. S druge strane, fosforamiditi nose fosfit umjesto fosfata i četiri hidroksilne i amino zaštićene skupine koje se po potrebi lako uklanjaju. Koristeći ih, kemičari razotkrivaju reaktivne molekularne centre prema potrebi, kontrolirajući sintezu DNA.U sintezi fosforamidita u čvrstoj fazi, početni fosforamidit je vezan preko svoje 3'-hidroksilne skupine na čvrsti nosač, pr. polistirenske kuglice pakirane u protočnu kolonu, a svaki sljedeći nukleotid se dodaje u četiri koraka

Indirektna imunoprecipitacija u otopinu koja sadrži protein od interesa.

U neizravnoj imunoprecipitaciji samo su antitijela pomiješana s uzorkom, u kojem vežu antigen. Zatim se uzorak pomiješa s kuglama obloženim proteinom A/G. Kako ovaj protein veže IgG konstantnu domenu, on nekovalentno povezuje antitijela s kuglicama, nakon čega antitijela i antitijelo-antigen kompleksi se mogu prikupiti centrifugiranjem

Kako proteini stupaju u interakcije tijekom frakcionacije proteina organskim otapalom?

U frakcioniranju s organskim otapalima, organska otapala koja se miješaju s vodom "razrjeđuju" molekule vode, smanjuju dielektričnu konstantu i natječu se za vodu s nabijenim i polarnim skupinama na površini proteina. Desolvatizirani hidrofilne skupine se vežu zajedno kroz ionske interakcije, a proteini se talože, najjače nabijeni proteini se talože prvi.

Priprema poliakrilamidnog gela za SDS-PAGE elektroforezu.

Akrilamidni gelovi izrađuju se miješanjem i polimerizacijom monomernog akrilamida s malom količinom sredstva za umrežavanje, N,N'-metilen-bis-akrilamidom (bis-akrilamid), spojem u kojem su dvije molekule akrilamida povezane zajedno preko metilenske skupine. Polimerizacija plete duge lance od glave do repa povezanog akrilamida koji ponekad umetnu molekulu bis-akrilamida, čime se započinje nova grana lanca koja se može dodatno proširiti akrilamidom. Polimerizacija je posredovana slobodnim radikalima i započinje dodavanjem N,N,N',N'-tetrametilen diamina (TEMED) u amonij persulfat, pri čemu se kasnije raspada u visoko reaktivni slobodni radikal, tj. molekulu s nesparenim elektronom. Slobodni radikal dijeli svoj nespareni elektron s molekulom akrilamida, kovalentno ga vežući. Međutim, sada novopovezana molekula akrilamida ima nespareni elektron, s kojim veže sljedeću akrilamidnu (ili bis-akrilamid) molekulu. Polimerizacija se nastavlja sve dok se ne potroše sve slobodne molekule akrilamida ili dok kisik neutralizira nespareni elektron, zbog čega se smjese gela otplinjavaju prije upotrebe. Alternativno, umjesto korištenja amonijevog persulfata i TEMED-a, akrilamid gelovi se mogu fotopolimerizirati fotorazgradnjom riboflavina kako bi se dobili početni slobodni radikali.

Priprema uzorka za agaroznu DNA-elektroforezu.

Uzorci DNA se stavljaju u gel nakon što se pomiješaju s glicerolom kako bi se povećala gustoća uzorka. Uzorku je dodana i lako uočljiva negativno nabijena boja bromofenol plava za označavanje fronte elektroforeze.

Izotermalno umnožavanje posredovano petljama (LAMP)

Ne zahtijeva termalni ciklus, a umnožava velike količine DNA u jednom koraku, dajući kolorimetrijsko očitanje. Kao takav, može se koristiti izvan laboratorija, npr. u dijagnostičke svrhe. LAMP eksperiment zahtijeva dva para početnica za ciljanje specifične sekvence DNA, tj. unutarnji i vanjski par početnica