BKA

Što bilježi detektor prednjeg raspršenja u protočnom citometru?

Raspršivanje prema naprijed (FSC) je svjetlost koja se skuplja uzduž u istom smjeru kao i upadni svjetlosni snop i do 20° gore i dolje u tom smjeru. Njegov intenzitet je proporcionalan površini površine stanice. Tako se približno određuje veličina stanice, kako veće stanice raspršuju više svjetlosti od manjih difrakcijom (savijanjem svjetlosti na površine stanice) i lomom, refrakcijom (savijanje svjetlosti dok ulazi i zatim izlazi iz prozirne citoplazme).

Objasni ATAC-seq.

Assay for Transposase-Accesible Chromating - test za kromatin pristupačan transpozazi pomoću sekvenciranja - može procijeniti dostupnost kromatina na cijelom genomu pa čak i identificirati mjesta vezanja faktora transkripcije (TF). Metoda koristi Tn5 transpozazu napunjenu adapterima za sekvenciranje za istovremeno fragmentiranje i označavanje genomske DNA, pripremajući tako knjižnicu sekvenciranja nazvanu knjižnica tagmentacije. Na početku protokola, stanice se liziraju i izolira se neoštećeni kromatin. Sljedeće, kromatin se pomiješa s Tn5 napunjenim adapterom, koji siječe kromatin u područjima bez nukleosoma i umeće oznake u njih, tj. izvodi reakciju izreži i zalijepi. Potom, umetnute oznake koriste se za amplificiranje fragmenata PCR-om, koji se tada sekvencionira Illumina metodom, pri čemu svaki fragment koji se može sekvencirati stvara dva odvojena i susjedna događaja transpozicije. Nakon što su podaci obrađeni, regije genoma u kojima se mnoga čitanja preklapaju, tj. pikovi, ukazuju na lokuse bez nukleosoma u velikom postotku stanica. Ovom tehnikom mogu se identificirati TF-vezna mjesta jer se vezanje TF pomiče udaljene susjedne nukleosome, stvarajući tako susjednu regiju bez nukleosoma, koja Tn5 može rezati.

Kako se zove spoj koji se tijekom disrupcije biljnih stanica korist za vezanje fenolnih spojeva?

polivinilpirolidon (pvp)

Kako se zove boja koja se nakon SDS-PAGE elektroforeze koristi da bi se detektirali isključivo glikoproteini?

perjodna kiselina-Schiff (PAS) boja

Kako se zove enzim koji se koristi za sintezu genskih proba metodom nasumičnog sparivanja (eng. random priming)?

Klenow fragment? (DNA polimeraza bez 5'-egzonukleazne aktivnosti)

Kako se zove metoda DNA profiranja koja podrazumijeva umnażarje cjelokupne VNTR regije reakcijom PCR?

RFLP (restriction fragment length polymorphism) - polimorfizmi duljine restrikcijskih fragmenata

Kako se zove metoda razlikovanja srodnih mikrobnih sojeva preko njihovih povrsinskih antigena?

Ouchterlony metoda dvostruke difuzijske agar ploče, u kojoj se jažice izrezuju u agar ploči i antigen i uzorci antitijela se nanose u njih. Kako uzorci difundiraju kroz agar, pri odgovarajućoj koncentraciji će aglutinirati i taložiti, tvoreći precipitinsku traku. Ova metoda se još uvijek koristi za serotipizaciju, odnosno identificiranje blisko povezanih mikroorganizama preko njihovih površinskih epitopa, npr. za karakterizaciju sojeva Salmonella.

supstrat za luciferazu morske mačuhice, tj za Renilla luciferazu?

coelenterazin, molekula slična luciferinu čija oksidacija proizvodi foton od 480 nm.

Metoda kojom se sintetiziraju DNA mikročipovi?

Mikročipovi se proizvode mikroobradom i mikroproizvodnjom, što uključuje urezivanje preciznih kapilarnih kanala, tanjih od pramena ljudske kose (npr. 50 µm široka, 10 µm duboka) na staklenu ili plastičnu površinu, koja se zatim prekriva drugim listom materijala koji pretvara otvorene kanale u zatvorene mikrofluidne kanale. Nadalje, kombinacija mikrofluidnih kanala s dodatnim ventilima i kanalima proizvodi mikrofluidni kružni sustav

Navedite glavni nedostatak SYBR Green boje kada je se koristi kvantifikaciju amplikona tijekom reakcije qPCR.

SYBR Green se veže na manji utor DNA i stoga nije specifičan ni za jednu sekvencu. Kao takav će proizvesti signal čak i ako je pogrešna sekvenca DNA umnožena. Da bi se provjerilo je li ispravan PCR proizvod amplificiran, neki qPCR ciklusi određuju veličinu amplikona kroz krivulje topljenja, tj. mjerenjem gubitka fluorescencije SYBR Greena kako temperatura raste, tj. kako dvolančani PCR produkt denaturira

Zašto tijekom DNA profiliranja umnażanjem STR sekvenci rijetko dolazi do problema gubljenja alela (engl. allellic dropout)?

STR-ovi su izbjegli alelno ispadanje, tj. preferencijalno umnažanje jednog alela, minimiziranjem diferencijalne PCR amplifikacije u heterozigotnim pojedinacima, jer su aleli STR-a bili sličnije veličine jer su imali kraću jezgru ponavljanja.

Čemu tijekom protočne citometrije služi jednostruka ograda (singlet gate)?

Primjenjuje se za filtriranje svih zalijepljenih stanicana na temelju visine i površine raspršenja prema naprijed.

Koji se problem pokušava riješiti provođenjem touchdown lančane reakcije polimeraze?

Specifičnost amplifikacije može se optimizirati touchdown PCR-om, tijekom kojeg termalni ciklusni uređaj postupno snižava temperaturu vezanja dok ne dosegne izračunati optimum.

Što se događa tijekom frakcioniranja proteina izoelektričnim taloženjem?

Proteini se povezuju putem intermolekularnih ionskih veza, tvoreći netopive agregate. S ovim načelom, može se istaložiti kontaminirajuće proteine, koji djelomično denaturiraju u postupku

Gradijentni poliakrilamidni gelovi.

Gradijentni gelovi su poliakrilamidni gelovi u kojima koncentracija akrilamida ravnomjerno varira od vrha do dna (npr. 5% akrilamida na vrhu gela, 25% na dnu). Tako, pore su velike na vrhu gela, ali se njihova veličina smanjuje prema dnu. Kao takvi, ovi gelovi odvajaju širi raspon Mr vrijednosti i bolje razdvajaju proteine slične veličine nego gelovi s fiksnim postotkom. Gelovi se obično rade s SDS-om i gelom za sabijanje.

Elektroforeza DNA u agaroznom gelu

Agaroza se koristi jer najčešće analizirane nukleinske kiseline mnogo su veće od proteina (Mr(1000 pb) = 620 kDa) te stoga ne mogu ući u poliakrilamidne gelove, jer ti gelovi imaju manje pore. Veličina fragmenata DNA diktira postotak lijevanog agaroznog gela

Što se događa tijekom digitalne lančane reakcije polimerazom (dPCR)?

Inicijalna DNA je podijeljena u desetke tisuća odjeljaka veličine nanolitara tako da je nekoliko molekula prisutno po odjeljku. Zasebna PCR reakcija s TaqManom sondom se nalazi u svakom odjeljku. Tek nakon što su svi PCR ciklusi završeni, fluorescencija se mjeri, a svaki odjeljak je ocijenjen kao fluorescentan ili ne. Konačno, rezultati se obrađuju statistički kako bi se zaključila početna količina DNA.

Što se događa tijekom selekcije hibridoma stanica?

Najvrjedniji klonovi moraju se identificirati probirom, npr. s ELISA-om. Jednom odabrani hibridomi kandidati se više puta procjenjuju na proizvodnju antitijela, jer mogu izgubiti svoje kromosome koji kodiraju antitijela, s obzirom na to da je njihov tetraploidni genom je nestabilan. Kao takvo, razvoj monoklonskog antitijela može trajati do šest mjeseci.

Epifluorescentna svjetlosna mikroskopija.

ekscitacija i emisija svjetlosti putuju kroz isti objektiv, tj. izvor svjetlosti i očna leća smješteni su na istoj strani uzorka (grč. epi = isto).

Što sadrži svaka reakcija sekvencioniranja po Sangeru?

molekula DNA se miješa s DNA polimerazom, prajmerom za sekvenciranje, četiri deoksinukleotidna trifosfata (dNTP: dATP, dCTP, dGTP, dTTP) i malom količinom četiri dideoksinukleotid trifosfata (ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP).