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Biochemie 2
Würzburg Uni
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Was sind die Reaktionsschritte für die Aktivierung der Aminosäuren ?
AS + ATP -> Aminoacyl-AMP + PPi
Aminoacyl-AMP + tRNA -> Aminoacyl-tRNA + AMP
Als Katalysator: Aminoacyl-tRNA-Synthetase
Wo spielt die Homologe Rekombination eine wichtige Rolle?
Meiose, DNA-Reperatur (Doppelstrangbruch), bei Blockierten Replikationsgabeln
Warum ist die spontane Desaminierung der DNA-Base Cytosin in lebenden Zellen ein mutagenes Ereignis?
Da durch die Desaminierung wird Cytosin zu Uracil und es wird kein Guanin mehr, sonder ein Adenosin gepaart.
Welche Funktion haben die trans agierenden Faktoren?
Sie erkennen die Introns und schneiden diese heraus, um einen OFR zu generieren .
Aufbau der Nukleosomen anhend einer skizze
Es muss vorhanden sein:
- (H2A, H2B, H3 und H4) X2
- Histon-Tails
- DNA
Wie wird das 3'-Ende einer eukaryotischen mRNA modifiziert und was sind die Funktionen?
Polyadenylierung, Schutz des 3'-Endes und Initiation der Translation
Aufrechterhaltung der Eisen-Homöostase, welche mRNAs sind in diesem Prozess durch das IRP reguliert und wie erfolgt diese Regulation mechanistisch?
Ferritin IRE in der 5'-UTR: Inhibition der Translation durch IRP bei Eisenmangel durch zerstörung des Fe-S Clusters
Transferrin-IRE in der 3'UTR: Stabilisierung der mRNA bei eisenmangel
Mechanismus der RecA/Rad51-vermittelten Strandaustausches.
RecA bindet ATP und polymerisiert auf Einzelstran -> aggressiver Einzelstränge wird gebildet
Sucht dann dsDNA nach homologer Region ab -> entwindet dabei DNA und bildet dreisträngiges Intermediate
Nach ATP-Hydrolyse kommt es zur verdrängung des sequenzgelichen Strangers aus der dsDNA
Die Aminoacyl-tRNA-Synthetasen sind in der Genexpression das einzige Element, das den genetischen Code entschlüsselt.
-> erläuter diese Aussage
Die Beladung von tRNA mit Aminosäuren ist die Schnittstelle zw. Genetischen Code und den Proteinen.
Dabei hat jede Aminosäure eine eigene Aminoacyl-tRNA-Synthetase, um so den genetischen Code richtig zu entschlüsseln.
Was sind die Endprodukte die nach Branche Migration entstehen und was sind die Konsequenzen für genetische Vielfalt?
Je nachdem, ob RuvC die sich ursprünglich kreuzenden oder nicht kreuzenden Stränge schneidet entsteht:
Heteroduplex: keine änderung des Gen. Materials
Rekombinante DNA: geänderte Zusammenstellung des Gens
Was sind die 4 Phasen der Transkription?
1) Template-Erkennung
2) Initiation der Transkription
3) Elongation
4) Initiation der Termination
Durch welchen Reperaturmechanismus wird die Cytosin-Desaminierung repariert?
Durch Uracil-DNA-Glycosylase wird die Mutation erkannt und auf der AP-site durch Endonuklease ausgeschnitten.
Die Lücken werden dann durch Ligas und RNA Pol. 1 wieder gefüllt.
Wie kann Reife mRNA von RNA getrennt werden
Reife mRNA besitzt 5'-Cap Struktur und einen Poly-(A)-Schwanz, wodurch diese durch luganden Bindung oder Chromatographie He aufschließund von anderen RNAs getrennt werden kann
Welches Ereignis markiert den Übergang der Initiation in die Elongation der RNA-Pol. 2 katalysiert en Transkription?
Die Posphorylierung der CTD, wodurch TF2E, H und B rausgehen
Aufrechterhaltung der zellulären Eisen-Homöostase im Bezug auf die Ferritin- und Transferrinrezeptor-mRNAs.
Ferritin = Speicher
-> IRE im 5'-UTR:
--> Fe hoch: Translation aktiv
--> Fe niedrig: Translation blockiert
Transferrin = Transporter
-> IRE I'm 3'-UTR
--> Fe hoch: Translation blockiert
--> Fe niedrig: Translation aktiv (mRNA-Stab. Erhöht)
Nenne zwei weitere Hormonklassen und ein beispiel
Stereoidhormone: Östrogen, Testosteron
Catecholamine: Adrenalin
Zu welcher Hormonklasse gehört Glucagon?
Peptidhormone
Welche Bedeutung hat die Histon-Acetyltransferase (HATs) für die Aktivierung der Transkription?
Sie acetylieren die Histon-Tails, wodurch es zur Lockerung der Nukleosomenstruktur kommt.
Dadurch können transkriptionelle Aktivautoren und Chromatin Umformungskomplexe an die DNA lagern.
-> RNA-Pol kann effizient transkribieren
Wie kann die Nutzung einer Spleißstelle stimuliert werden?
Durch die Nutzung von ESS können die Bindung von UsnRNP1 und UsnRNP2 an die 5'-SS / den BP unterstützt werden.
Durch die Nutzung von ESE binden SR-Proteine wodurch die 3'-SS attraktiver wird.
Wie ändert sich die Rkt-v. Bei der Peptidyltransferase-Rkt., wenn der pH-Wert steigt?
Die Aminogruppe wird nukleophiler, wodurch die Reaktionsgeschwindigkeit steigt.
Was sind vier verbreitete DNA-Bindedomänen?
Helix-Kehre-Helix
Helix-Loop-Helix
Leucin Zipper
Zinkfinger
Warum wird beim Spleißen keine chem. Energie benötigt ?
Der Splice Vorgang ist nur eine Umesterung und geht im gesamten betrachtet auf 0 heraus.
Wie wird die Kopplung der Transkription und Prozessierung mechanistisch realisiert?
1) Posphorylierung der CTD
-> reguliert, welche Faktoren binden
2) Capping, direkt nach Elongation bindet an die Phosphorylierte Sequenz ein Enzym das mit RNA Pol 2 interagiert und die Cap-Struktur bildet
Was sind die wichtigsten trans Faktoren, um Introns zu entfernen und welche Funktion haben sie?
U1, U2, U4/6 und U5
U1: definiert 3'-SS
U2: definiert BP
U2/6: Katalytischen Zentrum
U5: 5'-SS
Nenne drei Enzyme, die essentiell für die Homologe Rekombination sind.
RecA: erzeugt aggressive Einzelstränge
RuvAB: katalysiert holliday junction und branch migration
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