MemoCard lernen mit System

Imenuj protočni citometar koji omogućava razvrstavanje stanica.

FACS

Metoda kojom se sintetiziraju DNA mikročipovi?

Mikročipovi se proizvode mikroobradom i mikroproizvodnjom, što uključuje urezivanje preciznih kapilarnih kanala, tanjih od pramena ljudske kose (npr. 50 µm široka, 10 µm duboka) na staklenu ili plastičnu površinu, koja se zatim prekriva drugim listom materijala koji pretvara otvorene kanale u zatvorene mikrofluidne kanale. Nadalje, kombinacija mikrofluidnih kanala s dodatnim ventilima i kanalima proizvodi mikrofluidni kružni sustav

Zbog kojeg svojstva molekula RNA ih je tesko vizualizirati etidij bromidom?

Jednolančana je, etidij-bromid interkalira između sparenih baza a tu nema sparenih baza

Imenuj Konvencionalni dijagram za prikaz elektronskih stanja.

Dijagram po Jablonskom

Objasni ATAC-seq.

Assay for Transposase-Accesible Chromating - test za kromatin pristupačan transpozazi pomoću sekvenciranja - može procijeniti dostupnost kromatina na cijelom genomu pa čak i identificirati mjesta vezanja faktora transkripcije (TF). Metoda koristi Tn5 transpozazu napunjenu adapterima za sekvenciranje za istovremeno fragmentiranje i označavanje genomske DNA, pripremajući tako knjižnicu sekvenciranja nazvanu knjižnica tagmentacije. Na početku protokola, stanice se liziraju i izolira se neoštećeni kromatin. Sljedeće, kromatin se pomiješa s Tn5 napunjenim adapterom, koji siječe kromatin u područjima bez nukleosoma i umeće oznake u njih, tj. izvodi reakciju izreži i zalijepi. Potom, umetnute oznake koriste se za amplificiranje fragmenata PCR-om, koji se tada sekvencionira Illumina metodom, pri čemu svaki fragment koji se može sekvencirati stvara dva odvojena i susjedna događaja transpozicije. Nakon što su podaci obrađeni, regije genoma u kojima se mnoga čitanja preklapaju, tj. pikovi, ukazuju na lokuse bez nukleosoma u velikom postotku stanica. Ovom tehnikom mogu se identificirati TF-vezna mjesta jer se vezanje TF pomiče udaljene susjedne nukleosome, stvarajući tako susjednu regiju bez nukleosoma, koja Tn5 može rezati.

Ion torrent sekvencioniranje.

Metoda slična pirosekvencioniranju, ali se umjesto pirofosfata mjeri pad pH zbog otpuštenog vodika, jeftinija metoda jer koristi elektronički sustav detekcije umjesto optičkog; fragmenti DNA se imobiliziraju na akrilamidnim kuglicama i talože u jažoce opremljene tranzistorima s popljem osjetljivim na ione

Imenuj Kromogeni supstrat za alkalnu fosfatazu.

pretvara bezbojni 5- bromo-4-kloro-indolil fosfat (BCIP) u plavi produkt

Što se događa tijekom digitalne lančane reakcije polimerazom (dPCR)?

Inicijalna DNA je podijeljena u desetke tisuća odjeljaka veličine nanolitara tako da je nekoliko molekula prisutno po odjeljku. Zasebna PCR reakcija s TaqManom sondom se nalazi u svakom odjeljku. Tek nakon što su svi PCR ciklusi završeni, fluorescencija se mjeri, a svaki odjeljak je ocijenjen kao fluorescentan ili ne. Konačno, rezultati se obrađuju statistički kako bi se zaključila početna količina DNA.

Mjerenje koncentracije ATP-a pomoću bioluminiscencije.

Neki komercijalni setovi mogu mjeriti koncentraciju ATP-a kroz luminescenciju, koristeći luciferazu krijesnice i njen supstrat, luciferin krijesnice. U reakciji u dva koraka, luciferaza aktivira luciferin s ATP-om, dajući luciferil-adenilat i pirofosfat. Sljedeći, luciferil-adenilat spontano reagira s molekularnim kisikom i proizvodi oksiluciferin u prvom elektronski pobuđenom stanju, koje emitira foton žuto-zelene svjetlosti (550-570 nm). Kada je ATP ograničavajuća komponenta reakcije, emitirana svjetlost je proporcionalna na koncentraciju ATP-a.

Što se događa tijekom frakcioniranja proteina izoelektričnim taloženjem?

Proteini se povezuju putem intermolekularnih ionskih veza, tvoreći netopive agregate. S ovim načelom, može se istaložiti kontaminirajuće proteine, koji djelomično denaturiraju u postupku

Kako se zove boja koja se nakon SDS-PAGE elektroforeze koristi da bi se detektirali isključivo glikoproteini?

perjodna kiselina-Schiff (PAS) boja

Koji su koraci postupka određivanja količine dušika u uzorku metodom po Kjeldahiu (napišite reakcije koje se događaju u pojedinim koracima)?

Uzorak se vrije sa koncentriranom sumpornom kiselinom, natrijevim sulfatom i bakrom ili selenom kao katalizatorom kako bi se sav organski dušik preveo u amonijak, tj. amonijev sulfat. Amonijak se otpušta s natrijevim hidroksidom, skuplja u bornoj kiselini i titrira s hidroklornom kiselinom, koristeći metil-red-metilen-plavo kao indikator. Ova metoda određuje ukupan sastav dušika i koristi se za analizu kompleksnih krutih i microbioloških uzoraka, ne pročišćenih proteina.

Koji se problem pokušava riješiti provođenjem touchdown lančane reakcije polimeraze?

Specifičnost amplifikacije može se optimizirati touchdown PCR-om, tijekom kojeg termalni ciklusni uređaj postupno snižava temperaturu vezanja dok ne dosegne izračunati optimum.

Kako proteini stupaju u interakcije tijekom frakcionacije proteina organskim otapalom?

U frakcioniranju s organskim otapalima, organska otapala koja se miješaju s vodom "razrjeđuju" molekule vode, smanjuju dielektričnu konstantu i natječu se za vodu s nabijenim i polarnim skupinama na površini proteina. Desolvatizirani hidrofilne skupine se vežu zajedno kroz ionske interakcije, a proteini se talože, najjače nabijeni proteini se talože prvi.

Što bilježi detektor prednjeg raspršenja u protočnom citometru?

Raspršivanje prema naprijed (FSC) je svjetlost koja se skuplja uzduž u istom smjeru kao i upadni svjetlosni snop i do 20° gore i dolje u tom smjeru. Njegov intenzitet je proporcionalan površini površine stanice. Tako se približno određuje veličina stanice, kako veće stanice raspršuju više svjetlosti od manjih difrakcijom (savijanjem svjetlosti na površine stanice) i lomom, refrakcijom (savijanje svjetlosti dok ulazi i zatim izlazi iz prozirne citoplazme).

Indirektna imunoprecipitacija u otopinu koja sadrži protein od interesa.

U neizravnoj imunoprecipitaciji samo su antitijela pomiješana s uzorkom, u kojem vežu antigen. Zatim se uzorak pomiješa s kuglama obloženim proteinom A/G. Kako ovaj protein veže IgG konstantnu domenu, on nekovalentno povezuje antitijela s kuglicama, nakon čega antitijela i antitijelo-antigen kompleksi se mogu prikupiti centrifugiranjem

Imenuj kromatografsku metodu pročišćavanja proteina koja razdvaja proteine na temelju njihove veličine.

Gel filtracija ili kromatografija s isključenjem veličine (SEC) razdvaja proteine po njihovoj veličini. Matrica se sastoji od kuglica s različitim veličinama pora. Proteini se mogu apsorbirati u neke, ali ne sve pore, najveći proteini prvi izlaze iz kolone.

Priprema uzorka za agaroznu DNA-elektroforezu.

Uzorci DNA se stavljaju u gel nakon što se pomiješaju s glicerolom kako bi se povećala gustoća uzorka. Uzorku je dodana i lako uočljiva negativno nabijena boja bromofenol plava za označavanje fronte elektroforeze.

Čemu tijekom protočne citometrije služi jednostruka ograda (singlet gate)?

Primjenjuje se za filtriranje svih zalijepljenih stanicana na temelju visine i površine raspršenja prema naprijed.

Zasto se ABO sustav krvnih grupa ne koristi za genotipizaciju ljudi?

Neučinkovito je jer postoje samo četiri krvne grupe (A, B, AB i O), a više od 80% populacija je ili tip A ili tip O. Dakle, imajući nisku moć diskriminacije, takav test mogao bi lako osloboditi pojedinca, ali ga ne bi mogao osuditi.

Imenuj Deoksinukleotidi koji se koriste tijekom PacBio sekvenciranja.

fosfo-vezani (fosfo-obilježeni) dNTP-ovi, označeni različitim fluoroflorima na njihovom 5'-γ fosfatu, koje DNA polimeraza ugrađuje u novosintetizirajući lanac DNA

Kako je tijekom provođenja kapilarne elektroforeze riješen problem hlađenja medija unutar kapilara?

. Ovdje mali promjer kapilare daje veliki omjer površine i volumena, što pomaže hlađenju i na taj način eliminirajući konvekcijske struje i zonu proširenja izazvanu difuzijom

Koja je prednost boje Alexa Flour 488 u usporedbi s bojom fluorescein tlolzocijanat?

manje je osjetljiva na fotoizbjeljivanje

Epifluorescentna svjetlosna mikroskopija.

ekscitacija i emisija svjetlosti putuju kroz isti objektiv, tj. izvor svjetlosti i očna leća smješteni su na istoj strani uzorka (grč. epi = isto).

U metodi bočnog toka imunokromatografije (engl. lateral flow devices), kontrolna zona sadrži što?

Ova zona nosi dodatno antitijelo koje se veže izravno na antitijelo za detekciju, a ne na antigen. Tako će i kontrolna zona proizvesti obojenu liniju ako je test izveden ispravno.

Izoelektrično fokusiranje.

Struja je isključena, uzorci položeni na gel (pH gradijent s amfolitima), potom se struja uključi, tako da uzorci proteina migriraju prema elektrodama dok ne dosegnu svoje izoelektrične točke na kojima se nalaze bez neto naboja i stoga se ne mogu dalje kretati

Zašto tijekom DNA profiliranja umnażanjem STR sekvenci rijetko dolazi do problema gubljenja alela (engl. allellic dropout)?

STR-ovi su izbjegli alelno ispadanje, tj. preferencijalno umnažanje jednog alela, minimiziranjem diferencijalne PCR amplifikacije u heterozigotnim pojedinacima, jer su aleli STR-a bili sličnije veličine jer su imali kraću jezgru ponavljanja.

Imenuj qPCR proba koja sadrži prigušivač (quencher) kovalentno vezan na molekulu koja blokira prolazak DNA-polimeraze (PCR blocker).

Scorpion sonda?

Vrjednost koja označava kolko utinkovito leca prikuplja svjetlo koje je proslo kroz uzorak.

Numerička aperatura

Kad molekule DNA putuju kroz gel reptacijom?

Kad se globularne molekule zaglave u gelu

Imenuj Metoda profiliranja DNA koja se zasniva na umnažanju cijelih VNTR lokusa reakcijom PCR.

AFLP

Tijekom sinteze oligonukleotida na čvrstoj fazi korištenjem fosforamidita..?

Fosforamiditi se koriste umjesto standardnih nukleozida jer potonji nose nekoliko hidroksilnih (-OH) i amino (-NH2) skupina koje bi reagirale sa spojevima koji se koriste tijekom kemijske sinteze DNA. S druge strane, fosforamiditi nose fosfit umjesto fosfata i četiri hidroksilne i amino zaštićene skupine koje se po potrebi lako uklanjaju. Koristeći ih, kemičari razotkrivaju reaktivne molekularne centre prema potrebi, kontrolirajući sintezu DNA.U sintezi fosforamidita u čvrstoj fazi, početni fosforamidit je vezan preko svoje 3'-hidroksilne skupine na čvrsti nosač, pr. polistirenske kuglice pakirane u protočnu kolonu, a svaki sljedeći nukleotid se dodaje u četiri koraka

Imenuj pojam koji opisuje jačinu interakcije antitijela i antigena.

avidnost

Zašto poliklonalna antitijela najčeśce daju jači signal od monoklonalnih antitijela?

Jer se vežu za više epitopa na jednoj molekuli antigena

Izotermalno umnožavanje posredovano petljama (LAMP)

Ne zahtijeva termalni ciklus, a umnožava velike količine DNA u jednom koraku, dajući kolorimetrijsko očitanje. Kao takav, može se koristiti izvan laboratorija, npr. u dijagnostičke svrhe. LAMP eksperiment zahtijeva dva para početnica za ciljanje specifične sekvence DNA, tj. unutarnji i vanjski par početnica

supstrat za luciferazu morske mačuhice, tj za Renilla luciferazu?

coelenterazin, molekula slična luciferinu čija oksidacija proizvodi foton od 480 nm.

Kako se zove enzim koji se koristi za sintezu genskih proba metodom nasumičnog sparivanja (eng. random priming)?

Klenow fragment? (DNA polimeraza bez 5'-egzonukleazne aktivnosti)

Kako se zove metoda DNA profiranja koja podrazumijeva umnażarje cjelokupne VNTR regije reakcijom PCR?

RFLP (restriction fragment length polymorphism) - polimorfizmi duljine restrikcijskih fragmenata

Priprema poliakrilamidnog gela za SDS-PAGE elektroforezu.

Akrilamidni gelovi izrađuju se miješanjem i polimerizacijom monomernog akrilamida s malom količinom sredstva za umrežavanje, N,N'-metilen-bis-akrilamidom (bis-akrilamid), spojem u kojem su dvije molekule akrilamida povezane zajedno preko metilenske skupine. Polimerizacija plete duge lance od glave do repa povezanog akrilamida koji ponekad umetnu molekulu bis-akrilamida, čime se započinje nova grana lanca koja se može dodatno proširiti akrilamidom. Polimerizacija je posredovana slobodnim radikalima i započinje dodavanjem N,N,N',N'-tetrametilen diamina (TEMED) u amonij persulfat, pri čemu se kasnije raspada u visoko reaktivni slobodni radikal, tj. molekulu s nesparenim elektronom. Slobodni radikal dijeli svoj nespareni elektron s molekulom akrilamida, kovalentno ga vežući. Međutim, sada novopovezana molekula akrilamida ima nespareni elektron, s kojim veže sljedeću akrilamidnu (ili bis-akrilamid) molekulu. Polimerizacija se nastavlja sve dok se ne potroše sve slobodne molekule akrilamida ili dok kisik neutralizira nespareni elektron, zbog čega se smjese gela otplinjavaju prije upotrebe. Alternativno, umjesto korištenja amonijevog persulfata i TEMED-a, akrilamid gelovi se mogu fotopolimerizirati fotorazgradnjom riboflavina kako bi se dobili početni slobodni radikali.

Imenuj spektrofotometar koji može odrediti koncentraciju RNA u 1 µL uzorka

Nanodrop

Imenuj alternativnu lančanoj reakciji polimeraze koja koristi termostabilnu DNA polimerazu s helikaznom aktivnošću (strand-displacing DNA polymerase).

Izotermno amplificiranje posredovano petljom (LAMP)

Koja qPCR metoda kvantificira amplikone na temelju razgradnje oligonukleotida koji na svojim krajevima sadrže fluorofor?

TaqMan??

Navedite glavni nedostatak SYBR Green boje kada je se koristi kvantifikaciju amplikona tijekom reakcije qPCR.

SYBR Green se veže na manji utor DNA i stoga nije specifičan ni za jednu sekvencu. Kao takav će proizvesti signal čak i ako je pogrešna sekvenca DNA umnožena. Da bi se provjerilo je li ispravan PCR proizvod amplificiran, neki qPCR ciklusi određuju veličinu amplikona kroz krivulje topljenja, tj. mjerenjem gubitka fluorescencije SYBR Greena kako temperatura raste, tj. kako dvolančani PCR produkt denaturira

Kako se zove metoda razlikovanja srodnih mikrobnih sojeva preko njihovih povrsinskih antigena?

Ouchterlony metoda dvostruke difuzijske agar ploče, u kojoj se jažice izrezuju u agar ploči i antigen i uzorci antitijela se nanose u njih. Kako uzorci difundiraju kroz agar, pri odgovarajućoj koncentraciji će aglutinirati i taložiti, tvoreći precipitinsku traku. Ova metoda se još uvijek koristi za serotipizaciju, odnosno identificiranje blisko povezanih mikroorganizama preko njihovih površinskih epitopa, npr. za karakterizaciju sojeva Salmonella.

Imunoradiometrijski test.(iRMA)

DAS ELISA u kojoj je reporter enzim zamijenjen radioaktivnom oznakom naziva se imunoradiometrijski test (IRMA) - antigen se imobilizira kroz primarno antitijelo za oblaganje jažice i detektira se sa sekundarnim antitijelom obilježenim radioaktivnom oznakom. Dakle, antigen služi kao most koji povezuje dva antitijela.

Imenuj male pozitivno nabijene proteine koji se mogu koristiti za taloženje nukleinskih kiselina tijekom pročišćavanja proteina.

protamini ili polietilenimini, sintetski dugolančani kationski polimeri

Imenuj sekvencera koji sadrži nanopore za sekvencioniranje.

MinION

Imenuj pojavu koja tijekom elektroforeze SDS-PAGE sabija uzorak proteina u 1 vrpcu

izotahoforeze, tj. stavljanjem kompleksa protein-SDS u sendvič između brzo pokretnih kloridnih iona iz pufera iz gela za sabijanje i sporo pokretnih glicinatnih iona iz pufera za elektroforezu?

Imenuj fluorescentne poluvodiče u obliku nanokristala čija valna duljina emisije ovisi o njihovom promjeru.

kvantne točkice

Elektroforeza u promjenjivom elektricnom polju.

Tijekom PFGE, dva električna polja se primjenjuju naizmjenično, pod različitim kutovima, za određeno vrijeme, prisiljavajući molekulu DNA da se odmota, rasteže, pomiče i ponovno namota, prvo u jednom, a zatim u drugom smjeru, kako je predviđeno modelom pristrane reptacije. Kad god se promijeni električno polje, molekule DNA se prvo moraju prilagoditi polju i tek se onda nastaviti kretati kroz gel. Kako se manje molekule poravnavaju brže od dužih, manje molekule putuju dalje, odvajajući se od dužih.

Dvodimenzionalina poliakrilamidna gel elektroforeza.

2D-PAGE odvaja proteine po njihovoj izoelektričnoj točki i veličini, prvo kroz izoelektrično fokusiranje (IEF), a zatim kroz SDS-PAGE

Gradijentni poliakrilamidni gelovi.

Gradijentni gelovi su poliakrilamidni gelovi u kojima koncentracija akrilamida ravnomjerno varira od vrha do dna (npr. 5% akrilamida na vrhu gela, 25% na dnu). Tako, pore su velike na vrhu gela, ali se njihova veličina smanjuje prema dnu. Kao takvi, ovi gelovi odvajaju širi raspon Mr vrijednosti i bolje razdvajaju proteine slične veličine nego gelovi s fiksnim postotkom. Gelovi se obično rade s SDS-om i gelom za sabijanje.

Imenuj Antibjela označena reaktivnim ziatnim česticama.

Protutijela se također mogu povezati s reaktivnim česticama zlata i tako nastati immunogold, koji se koristi u imunosorbentnoj elektronskoj mikroskopiji (ISEM) i uređajima s bočnim protokom

Imenuj Kolone za izolaciju RNA koje na sebe vežu samo eukariotske mRNA.

oligo(dT)-celuloznim kolonama, koji vežu poli(A)-repove mRNA u uvjetima visoke koncentracije soli i otpuštaju ih kada se tretiraju puferom s malo soli

Što je potrebno za Illumina sekvencioniranje?

Modificirani dNTP-ovi sa fluoroforom, DNA polimeraza

Elektroforeza DNA u agaroznom gelu

Agaroza se koristi jer najčešće analizirane nukleinske kiseline mnogo su veće od proteina (Mr(1000 pb) = 620 kDa) te stoga ne mogu ući u poliakrilamidne gelove, jer ti gelovi imaju manje pore. Veličina fragmenata DNA diktira postotak lijevanog agaroznog gela

Kada za pročišćavanje proteina koristimo glutation S-transferaznu proteinsku oznaku, što radimo s fuzijskim konstruktom kojeg želimo pročistiti?

Protein označen s njim može se pročistiti na koloni napunjenoj zrncima agaroze na koje je vezan glutation i eluirati s viškom reduciranog glutationa

Imenuj Vrsta mikroniza (engl. microarray) korištena za identifikaciju transkribiranih genomskih regla.

koristi se posebna vrsta DNA mikroniza, nazvana tiling nizovi, koji nose oligonukleotide koji pokrivaju cijeli genom, a ne samo odabrane genomske regije kao kod analize SNP-ova. Tijekom analize, nizovi pločica su hibridizirani s obilježenim RNA uzorkom, koji označava sve transkribirane regije u genomu

Zašto je lon torrent sekvenciranje jeftinije od llumina sekvenciranja?

Jer se bazira na elektroničkom sustavu detekcije, a ne optičkom

Što se događa tijekom selekcije hibridoma stanica?

Najvrjedniji klonovi moraju se identificirati probirom, npr. s ELISA-om. Jednom odabrani hibridomi kandidati se više puta procjenjuju na proizvodnju antitijela, jer mogu izgubiti svoje kromosome koji kodiraju antitijela, s obzirom na to da je njihov tetraploidni genom je nestabilan. Kao takvo, razvoj monoklonskog antitijela može trajati do šest mjeseci.

Na kojem principu se bazira određivanje koncentracije proteina pomoću bicinkoninicne kiseline?

Peptidne veze reduciraju Cu2+ u Cu+ u alkalnim uvjetima, pa taj Cu+ formira kompleks s 2 molekule bicinkonične kiseline, dajuću ljubičasto obojenje koje se mjeri pri 562 nm. Ova metoda detektira 0.5 μg/ml proteina i manje je osjetljiva na interferirajuće komponente on Lowryja.

Kako se zove spoj koji se tijekom disrupcije biljnih stanica korist za vezanje fenolnih spojeva?

polivinilpirolidon (pvp)

Kromatografija na osnovi hidrofobnih interakcija.

Hidrofobna interakcijska kromatografija (HIC) koristi matricu s hidrofobnim butil- ili fenil- skupinama za razdvajanje proteina na temelju razlike u hidrofobnosti njihove površine. Proteini se otapaju u puferu s visokim udjelom soli i stavljaju na kolonu na koju se imobiliziraju kroz hidrofobni učinak. Proteini se eluiraju smanjenjem gradijenta soli i dodavanjem organskog otapala koje se miješa s vodom kako bi se eluirala većina hidrofobnih proteina.

Što sadrži svaka reakcija sekvencioniranja po Sangeru?

molekula DNA se miješa s DNA polimerazom, prajmerom za sekvenciranje, četiri deoksinukleotidna trifosfata (dNTP: dATP, dCTP, dGTP, dTTP) i malom količinom četiri dideoksinukleotid trifosfata (ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP).

Flashcard Info

BKA